优势
1．空间利用率极高苗木冠幅在高中低三层错开生长，空间利用率很高，单位面积能够产生更大效益。
2．可以有效遮挡阳光对于某些怕强光照射的苗木（如鸡爪槭），可利用高层苗木来遮挡强光直射，同时也可利用中层苗木来遮挡阳光对高层苗木主干部位的直射。
3．能实现“一定终生”三层立体套种总体上较密集，而其高中矮三层苗木各自冠幅位置不同，因此无需像普通栽培方式那样每当苗木生长到一定阶段就得间苗拉稀。这样三层立体套种可以不用间苗移栽，节约了定植移栽成本（定植移栽成本极高）。
4．可提高苗木防冻抗旱能力由于三层立体套种栽培密度较大，各苗木就像增加了一道挡风的墙，能减少寒风对苗木的肆虐。特别对于部分怕冻的落叶树而言，若旁边有常绿树，会大大减少寒风伤害。抗旱原理也相同，密度大、光照弱、湿度大。
劣势
1．病虫害防治麻烦首先，相同种苗木间距较大，中间有其他苗间隔，打药不方便；其次，不同苗木对农药敏感度不同，使得可选农药面窄或打药时间、操作技术等要求更高，如樱花对敌敌畏、氧化乐果等药敏感，那么套种在樱花上层的苗木也不能使用敌敌畏、氧化乐果等药；第三，不同苗木病虫害发生时间不同，较难统一防治，或统一防治时要增加很多农药成本及降低防治效果。
2．杂草管理麻烦由于有低矮作物，同时密度较大，治草相当麻烦。
3．提高了部分病虫害侵染和繁殖概率由于密闭度大和光照不足，中矮层作物增加了不少病虫害侵染概率，如白粉病、蜡蚧等多种病虫害就喜欢这种遮阴环境生长。
4．给改茬换代和土地归还带来麻烦由于有多种苗木，短时间内较难集中成片销售，给改茬换代和土地归还带来一定麻烦。
间作方式
在考虑优势与劣势的基础上，只要规划和管理科学，相对于传统单层栽培，三层立体栽培是能取得更大经济效益的。那么三层立体栽培该掌握哪些技术呢？业内专家根据实际经验总结出以下几点：
A
高 矮 中 矮 高 矮 中
中 矮 高 矮 中 矮 高
B
高 矮 中 矮 中 矮 高
中 矮 高 矮 中 矮 中
C
高 矮 中 矮 高 矮 中
高 矮 中 矮 高 矮 中
D
高 矮 中 矮 中 矮 高
高 矮 中 矮 中 矮 高
第一种方式光照最均匀、土地利用率最高、适用最广泛。特别是当同种高层或中层苗木间连线成60度夹角时，其六个方位间距相同，因此该方式可广泛使用。
第二种方式适合高层间冠幅差别较大或中层对光照要求较严的苗木。
第三种和第四种为横向栽培相同苗木、纵向套种不同苗木。这两种方式外观感觉更整齐、操作相对容易，但都对行距要求较大，特别第四种。另外，这两种方式容易出现的问题还有枝条四个方向生长空间略有不同。
间距
1.最终出售时苗木冠幅同类苗木间距必须大于冠幅；套种苗之间的间距必须大于较矮苗的冠幅。
2.苗木最低光照要求例如中层苗木最低光照率不低于30%、底层苗木光照率最低要求不低于10%，那么间距除了考虑高层的冠幅之外，还得加上30%中层苗木光照区和10%底层苗木光照区。
3.最终出售时苗木冠幅不可重叠的部分生长空间可重叠是套种能够提高土地利用率的主要因素，是提高经济效益的主因。但有些中层或底层苗木生长到一定的阶段之后，其顶部会突破其上层的下部冠幅高度，这也要求我们在设计套种间距时必须考虑这部分空间。
4.起苗、出苗最低间距要求首先，要考虑起苗时的方便性，不能出现严重影响起苗的情况。其次，出苗时过道要求，如经过捆绑之后，苗木冠幅是3米，那么过道宽度必须是3米以上，否则就无法抬出苗了。同时，过道处苗木间距设计还得考虑两边苗木冠幅的挤占空间。
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